1071 yılında Malazgirt'te,  Büyük Selçuklu Hükümdarı ile Romen Diyojen arasında gerçekleşen ve tarihin akışını değiştiren Malazgirt zaferinin ardından Kırşehir Anadolu Selçuklularının şehri haline geldi.  II. Kılıçaslan eski bir geleneğe uyarak ülkesinin 2 oğlu arasında paylaştırdı ve burası Ankara toprakları ile birlikte Mesud'un payı oldu (566-1190). Fakat Tokat'ta hüküm süren ve Konya'yı fetheden Rüknettin Aslan Ankara Kalesini 2-5 gün sürecek bir kuşatma altına alıp zapt etmiş ardından Mesud ve iki oğlunu idam ettirmişti (600-1204. Kardeş geçimsizlikleri ile elden ele geçen,yol uğrağı olması nedeniyle kanlı savaşlara sahne olan Kırşehir 625(1227-28) yılında Mengüçoğullarından Muzafferittin'e  tımar olarak tahsis edildi.Onun zamanında şehir bir kültür merkezi durumundadır

İbni. Bibi'den öğrendiğimize göre  25  Haziran 1243’de meydana gelen,Selçuklular ile Moğol  orduları arasında yapılan  Kösedağ Savaşı’nın sonucunda  Keyhüsrev yenilmiş ve her yıl vergi vermek  üzere Moğolların hakimiyetine girmiştir. Kırşehir ise bu hadiseden sonra Moğol ordularının yaylak ve  kışlağı haline gelmiştir. Moğol  valilerinin  zulümleri Selçuklu memurlarının idaresizlikleri bölge halkını nefrete sürüklüyordu. Bu  tarihte Kırşehir beyi  olan Moğollara karşı uzlaştırıcı bir siyaset uygulayan Nurettin Caca Kırşehir izlediği politikayla halkı huzura kavuşturmuş Caca Bey medresesini kurmuş  ilim ve âlimleri korumuştur.