14.yüzyıl ortalarında Eretna Beyliği’nin eline geçen şehir, Eretnaoğlu Mehmed Bey’in ölümünden (767/1366) sonraki iç karışıklıklar sırasında en fazla zarar gören yerlerden biri oldu. Ardından Sivas merkez olmak üzere bir devlet kuran Kadı Burhâneddin’in idaresine girdi(791/1389). Kadı Burhâneddin, Sınır konumunda bulunan  şehrin surlarını tamir ettirdi. Timur’un Anadolu’ya ilk girişi sırasında Karamanoğullan tarafından yağma edilen şehir Kadı Burhâneddin’in ölümünden (800/1398) sonra Osmanlılar’ın eline geçti. Ankara Savaşı’nın (804/1402) ardından Timur tarafından Karamanoğulları’na verildi. Timur Anadolu’dan çekilirken başta Yozgat çevresi olmak üzere Kırşehir yöresindeki Moğol aşiret gruplarının önemli bir kısmını götürdü ve onlardan boşalan yaylak ve kışlak mahallerine Dulkadıroğulların’na mensup konar göçer Türkmen grupları gelmeye başladı. Bu durum Kırşehir’in Dulkadıroğulları’nın idaresine girmesi açısından önem arz eder.